Секвенцирање ДНК такође зависи од наше способности да се користи електрофореза гела за раздвајање ћелија ДНК које се разликују по величини за само један базни пар.
ДНК секвенцирање
Крајем 1970-их, изумљене су две технике секвенцирања ДНК за дуже молекуле ДНК. То су метода Сангер (или дидеоки) и метода Макам-Гилберт (хемијско цепање). Метода Макам-Гилберт се заснива на хемикалијама специфичног цепања нуклеотида и најбоље се користи за секвенцирање олигонуклеотида (кратки нуклеотидни полимери, обично мањи од 50 базних парова дужине). Метода Сангер се чешће користи јер се доказало да је технички лакше применити, а са развојем ПЦР- а и аутоматизацијом технике лако се примењује на дугачке ћелије ДНК, укључујући и неке целокупне гене. Ова техника заснива се на завршетку ланца помоћу дидеокинуклеотида током реакција прозрачности ПЦР-а.
Сангеров метод
У Сангеровој методи, ДНК ћелија која се анализира користи се као шаблон и користи се ДНК полимераза, у ПЦР реакцији, да генерише комплименте са примарним праговима.
Припремљене су четири различите реакционе смеше ПЦР, од којих свака садржи одређени проценат аналога дидеокинуклеозид трифосфата (ддНТП) са једним од четири нуклеотида (АТП, ЦТП, ГТП или ТТП). Синтеза нове ДНК линије се наставља све док један од ових аналога није инкорпориран, при чему је препрека преокренута.
Свака ПЦР реакција ће завршити са мешавином различитих дужина ДНК ћелија, све завршавајући са нуклеотидом који је дидеоокси означен за ту реакцију. Гелова електрофореза се затим користи за раздвајање ћелија четири реакције, у четири одвојене траке, и одређује секвенцу првобитног шаблона заснованог на томе која дужина конака завршава са којим нуклеотидом.
У аутоматизованој Сангеровој реакцији користе се прајмери који су означени са четири различите обојене флуоресцентне ознаке. ПЦР реакције, у присуству различитих дидеоки нуклеотида, се изводе како је горе описано. Међутим, следеће, четири реакционе мешавине се затим комбинују и наносе на једну траку гела. Боја сваког фрагмента се детектује помоћу ласерског зрака, а информације се сакупља помоћу рачунара који генерише хроматограме који приказују врхове за сваку боју, од које се може одредити секвенца ДНК секвенце.
Типично, аутоматизована метода секвенцирања је тачна само за секвенце до максимално око 700-800 базних парова дужине. Међутим, могуће је набавити потпуне секвенце већих гена и, заправо, читав геноме, користећи степеничне методе као што су Примјер Валкинг и Схотгун секуенцинг.
У Пример Валк-у , делотворан део већег гена се секвенцира коришћењем методе Сангер. Нови прајмери се генеришу из поузданог сегмента секвенце и користе се за наставак секвенцирања дела гена који је био ван домета оригиналних реакција.
Секвенцирање с пиштољем подразумева случајно смањење интереса ДНК интереса у одговарајуће фрагменте величине (подесивих) величине, секвенцирање сваког фрагмента и уређивање делова заснованих на преклапајући секвенцама. Ова техника је олакшана применом рачунарског софтвера за уређивање преклапања комада.