Постоји неколико различитих мрља које се могу користити за визуелизацију и фотографисање ДНК након што је материјал одвојен гел електрофорезом. Међу многим изборима, ова пет врста су најчешћи почетак са Етхидиум бромидом, који се најчешће користи. Када радите са овим процесом, важно је не само да познате разлике између синдрома, већ инхерентне здравствене ризике.
01 Етхидиум Бромиде
Етидијум бромид је вероватно најпознатија боја која се користи за визуализацију ДНК. Ова боја може се користити у мешавини гела, у пуферу за електрофорезу или да се мрља након истека гела. Молекуле боје придржавају се ДНК жила и флуоресцирају под УВ светлошћу, показујући тачно где су траке унутар гела. Упркос својој предност, негативна је чињеница да је етидијум бромид потенцијални канцероген, тако да се мора поступати са великом пажњом. Због потенцијалних здравствених ризика за рад са овим гелом пронађене су алтернативе. 02 СИБР Голд
СИБР златна боја може се користити за мрљање двоструке или једноручне ДНК или за бојење РНК. СИБР Голд је био једна од првих алтернатива за етидиум бромиде који је погодио тржиште и сматра се осјетљивијим од етидиум бромида. Ова боја показује 1000 пута већу УВ флуоресценцију када је везана за нуклеинске киселине. Затим продире у густе и високе проценте агарозних гела и може се користити у формалдехидним геловима. Пошто је флуоресценција неограниченог молекула толико ниска, неоправдање није неопходно. Молекуларне сонде имали су и лиценце (од лансирања СИБР Голд-а) развиле и пласирале СИБР Сафе и СИБР Греен које су сигурније алтернативе етидијум бромиду.
03 СИБР Греен
Парфеми СИБР Греен И и ИИ (опет, на тржишту Молецулар Пробес) оптимизовани су за различите намене. Због тога се везују за ДНК, и даље се сматрају потенцијалним мутагеним и због тога, њима треба поступати пажљиво. СИБР Греен И је осетљивији за употребу са двоструком ДНА, док је СИБР Греен ИИ, с друге стране, најпогоднији за употребу са једноручним ДНК или РНК. Као и популарна мрља Етхидиум Бромиде, ове високо осетљиве мрље флуоресцирају под УВ светлошћу. 04 СИБР Сафе
СИБР Сафе је дизајниран да буде сигурнија алтернатива за Етхидиум Бромиде и друге СИБР флеке. Не сматра се опасним отпадом и може се генерално одлагати кроз редовне канализацијске системе (тј. Доље од одвода), јер испитивање токсичности указује на то да нема акутне токсичности. Тестирање такође указује на то да је мало или без генотоксичности на ћелијама ембриона Сиријског хмељка (СХЕ), људским лимфоцитима, ћелијама лимфома мишева и АМЕС тесту. Мрље се може користити са трансилуминатором плаве светлости, што узрокује мање оштећења ДНК-а која се визуализира и пружа бољу ефикасност за касније клонирање. 05 Ева Греен
Ева Греен је зелена флуоресцентна боја која је утврдила да инхибира ПЦР у мањој мери од других боја. Ово је веома корисно за апликације као што су квантитативни ПЦР у реалном времену. Такође је добар избор ако користите гелове са ниским тачкама за опоравак ДНК. Веома је стабилан на високим температурама и има веома ниску флуоресценцију, али је високо флуоресцентан када се везује за ДНК. Ева Греен такође је показала да има врло ниску или без цитотоксичности или мутагености.